1. Về giá đất được trừ trong trường hợp thuê đất để xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để cho thuê
    • Thông tư số 06/2012/tt_BTC chưa có hướng dẫn về giá đất được trừ trong trường hợp thuế đất để xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để cho thuê
    • Thông tư 65/2013/TT-BTC bổ sung hướng dẫn trường hợp thuê đất đề xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà ở để bán, đê cho thuê thì giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng là tiền thuê đất phải nộp cho ngân sách nhà nước (không bao gồm tiền thuê đất được miễn, giảm) và chi phí đền bù, giải phóng mặt bằng theo quy định pháp luật.
    • Thông tư có bổ sung ví dụ:
      • “Công ty cổ phần VN-KR có ngành nghề kinh doanh đầu tư, kinh doanh hạ tầng sản xuất cong nghiệp và dịch vụ. Công ty được Nhà nước cho thuê đất, thu tiền sử dụng đất 1 lần để đầu tư xây dựng hạ tầng khu công nghiệp thực hiện dư án; thời hạn thuê đất là 50 năm. Diện tích đất thuê là 300.000 m2, giá thu tiền thuê đất nộp một lần cho cả thời hạn thuê là 82.000 đ/m2. Tổng số tiền thuê đất phải nộp là 24,6 tỷ đòng. Công ty không được miễn, giãm tiền thuê đất. Sau khi đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng, Công ty ký hợp đồng cho nhà đầu tư thuê lại với thời hạn thuê là 49 năm, diện tích đất cho thuê là 16.500 m2, đơn giá cho thuê tại thời điểm ký kết hợp đồng là 450.000 đ/m2 cho cá thời gian thuê, giá đất đã bao gồm thuế GTGT).
      • Giá đã có thuế GTGT đối với tiền thu từ cho thuê hạ tầng trong cả thời hạn cho thuê (49 năm) đối với Công ty cổ phần  VN-KR cho nhà đàu tư thuê được xác định là: 16.500 m2 x (450.000 – 82.000) = 6,072 tỷ đồng.
      • Giá chưa có thuế GTGT được xác định là: 6,072 tỷ: (1+ 0.1)= 5,52 tỷ
      • Thuế GTGT là: 5,52 tỷ x 10% = 0,552 tỷ.”
  2. Về giá đất được trừ trong trường hợp doanh nghiệp kinh doanh bất động sản có nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp của người dân theo hợp đòng chuyển nhượng, sau đó được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng sang thành đất ở để xây dựng chung cư, nhà ở…để bán
    • Thông tư số 06/2012/TT-BTC không có hướng dẫn nội dung trên.
    • Thông tư số 65/2013/TT-BTC bổ sung hướng dẫn về giá đất được trừ trong trường hợp doanh nghiệp kinh doanh bât đồng sản có nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp của người dân theo hợp đồng chuyển nhượng, sau đó được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho pháp chuyển mục đích sử dụng sang thành đất ở để xây dựng chung cư, nhà ở…để bán thì giá đất được trừ khi tính thuế GTGT là giá đất nông nghiệp nhận chuyển nhượng từ người dân và các chi phí khác bao gồm: khoản tiền sử dụng đất nộp NSNN để chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở, thuế thu nhập cá nhân nộp thay người dân có đất chuyển nhượng nếu các bên có thỏa thuận doanh nghiệp kinh doanh bất động sản nộ thay.
  3. Về giá đất được trừ theo tỷ lệ (%) của số tiền thu theo tiến độ thực hiện dự án trên tổng số tiền theo hợp đồng.
    • Thông tư số 06/2012/TT-BTC không có hướng dẫn về giá đất được trừ tính theo tỷ lệ (%) của số tiền thu theo tiến độ thực hiện dự án trên tổng số tiền theo hợp đồng
    • Thông tư số 65/2013/TT-BTC hướng dẫn bổ sung nội dung:
      • “Trường hợp xây dựng, kinh doanh cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, chuyển nhượng có thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng thì giá đất được trừ được tính theo tỷ lệ (%) của số tiền thu theo tiến độ thực hiện dự án trên tổng số tiền theo hợp đồng hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng với giá đất được trừ theo quy định.”