Khoản 4 Điều 6 Thông tư 124/2011/TT-BTC quy định mức thu phí đối với xe máy là 2%, riêng:
- Thành phố trực thuộc Trung ương, thành phố thuộc tỉnh; thị xã nơi Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đóng trụ sở được xác định theo địa giới hành chính nhà nước tại thời điểm kê khai lệ phí trước bạ, trong đó: Thành phố trực thuộc Trung ương bao gồm tất cả các quận, huyện trực thuộc thành phố, không phân biệt các quận nội thành hay các huyện ngoại thành, đô thị hay nông thôn; Thành phố thuộc tỉnh và thị xã nơi Uỷ ban nhân dân tỉnh đóng trụ sở bao gồm tất cả các phường, xã thuộc thành phố, thị xã, không phân biệt là nội thành, nội thị hay xã ngoại thành, ngoại thị.
- Đối với xe máy nộp lệ phí trước bạ lần thứ 2 trở đi được áp dụng mức thu là 1%. Trường hợp chủ tài sản đã kê khai, nộp lệ phí trước bạ đối với xe máy thấp hơn 5%, sau đó chuyển giao cho tổ chức, cá nhân ở địa bàn quy định tại điểm a khoản này thì nộp lệ phí trước bạ theo mức là 5%.
- Đối với xe máy được kê khai nộp lệ phí trước bạ từ lần thứ 2 trở đi, chủ tài sản kê khai lệ phí trước bạ phải xuất trình cho cơ quan Thuế giấy đăng ký mô tô, xe máy hoặc hồ sơ đăng ký xe do Công an cấp đăng ký trả. Địa bàn đã kê khai nộp lệ phí lần trước được xác định theo “Nơi thường trú”, “Nơi Đăng ký nhân khẩu thường trú” hoặc “Địa chỉ” ghi trong giấy đăng ký mô tô, xe máy hoặc giấy khai đăng ký xe, giấy khai sang tên, di chuyển trong hồ sơ đăng ký xe và được xác định theo địa giới hành chính nhà nước tại thời điểm kê khai lệ phí trước bạ.