1. Về việc khấu trừ trường hợp cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thủy sản, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả kinh doanh tập trung
    • Thông tư số 06/2012/TT-BTC hướng dẫn đối với trường hợp cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thủy sản, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả kinh doanh tập trung thì kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn xây dưng cơ bản nếu cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến hoặc có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT.
    • Thông tư số 65/2013/TT-BTC hướng dấn đồng thời hai điều kiện: cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư để tiếp tục sản xuất, chế biến và có văn bản cam kết tiếp tục sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT thì được kê khai, khấu trừ thuế GTGT ngay từ giai đoạn xây dựng cơ bản.
  2. Về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hành hóa, dịch vụ mua vào để khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp thanh toán trả chậm
    • Thông tư số 06/2012/TT-BTC nội dung quy định tại điểm c Khoản 2 Điều 15 Mục I Chương III và ví dụ số 49 chưa thống nhất, (nội dung tại Thông tư chỉ nêu điều chỉnh bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra nhưng ví dụ tại Thông tư thì nêu cả trường hợp điều chỉnh sau kiểm tra, thanh tra) chưa nêu rõ việc cơ sở kinh doanh được khai điều chỉnh, bổ sung sau khi cơ quan thuế đã thanh tra, kiểm tra như thế nào, trong thời hạn bao lâu?
    • Thông tư số 65/2013/TT-BTc đã sữu đổi và bổ sung hướng dẫn về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào để khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp thanh toán trả chậm và khai điều chỉnh giảm cả thuế GTGT và thuế TNDN trong trường hợp khi điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh đồng thời hạch toán tăng chi phái tính thuế thu nhập doanh nghiệp khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm; thời gian khai điều chỉnh, bổ sung khi có chứng từ thanh toán qua ngân hàng sau khi cơ quan thuế đã thanh tra, kiểm tra.
    • Cụ thể Thông tư số 65/2013/TT-BTC hướng dẫn:
      • Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp khi điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh đồng thời hạch toán tăng chi phí tính thuế thu nhập doanh nghiệp khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì sau khi có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT và thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã điều chỉnh giảm thì không phải điều chỉnh lại chi phí tính thuế TNDN.
      • Trường hợp cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở và có quyết định xử lý không chấp nhận cho khấu trừ thuế đối với các hóa đơn GTGT không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, sau khi có quyết định xử lý của cơ quan thuế cơ sở kinh doanh mới có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì:
    • Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sỏ kinh doanh được khai bổ sung thuế GTGT. (lưu ý: cơ sở kinh doanh được khai bổ sung không bị khoond chế thời gian khai bổ sung vì cơ sở kinh doanh chấp hành tốt đã điều chỉnh giảm trươc khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra).
    • Đối với các hóa đơn GTGT cơ sở kinh doanh đã không điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra thì cơ sở kinh doanh đươc khai bổ sung nếu có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế. (lưu ý: cơ sở kinh doanh chỉ được khai bổ sung trong thời hạn 6 tháng kể từ tháng có Quyết định xử lý của cơ quan thuế vì trường hợp này cơ sở kinh doanh không chấp hành tốt, không tự điều chỉnh giảm trước khi cơ quan thuế đến thanh tra, kiểm tra).
    • Một số vị dụ minh họa:
    • Ví dụ 49a: Tại Công ty TNHH Super có tình hình như sau:
      • Tháng 2, 3 năm 2012 Công ty TNHH Super có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là ngày 31/10/2012. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, Công ty TNHH Super đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế GTGT tháng 2, tháng 3 năm 2012. Đến thời hạn trả (ngày 31/10/2012) do có khó khăn về tài chính nên Công ty TNHH Z không có khả năng trả. Công ty TNHH Super đã tự kê khai điều chỉnh giảm trên Tờ khai thuế GTGT tháng 10 năm 2012, đồng thời kế toán đã khai tăng chi phí tính thuế TNDN khoản chi phí tương ứng số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ điều chỉnh giảm.
      • Tháng 4 năm 2013 cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH Super. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2012 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012, do Công ty đã tự điều chỉnh giảm số thuế đã kê khai khấu trừ trên Tờ khai thuế GTGT tháng 10 năm 2012 nên Đoàn kiểm tra ghi nhận số liệu đã điều chỉnh giảm.
      • Tháng 5 năm 2013 cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý về thuế GTGT đối với Công ty TNHH Super (trong Quyết định không có nội dung xử lý về thuế GTGT của các hóa đơn GTGT mua hàng trong tháng 2, tháng 3 năm 2012 theo hợp đồng trả chậm với thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012 do Đoàn kiểm tra đã ghi nhận số liệu kế toán đã điều chỉnh giảm).
      • Tháng 12 năm 2013 Công ty TNHH Super có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 2, 3 năm 2012 (thời hạn thanh toán là ngày 31/10/2012) thì Công ty TNHH Super được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT. Đồng thời Công ty TNHH Super thực hiện điều chỉnh giảm chi phí tính thuế TNDN tương ứng.
    • Ví dụ 49b: Tại Công ty TNHH YKK có tình hình như sau:
      • Tháng 3, 4 năm 2012 Công ty TNHH YKK có hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012. Căn cứ hóa đơn GTGT do người bán cung cấp, kế toán Công ty TNHH Z đã kê khai khấu trừ thuế GTGT trên Tờ khai thuế tháng 3, tháng 4 năm 2012. Đến thời hạn trả trong tháng 9 năm 2012 Công ty TNHH YKK không có khả năng thanh toán, tuy nhiên Công ty đã không kê khai điều chỉnh giảm.
      • Tháng 4 năm 2013, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra về thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK, thời kỳ kiểm tra là năm 2012. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty TNHH YKK không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa theo hợp đồng thanh toán trả chậm, thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012. Đoàn kiểm tra xử lý không chấp thuận cho Công ty TNHH YKK được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
      • Tháng 5 năm 2013 cơ quan thuế đã ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế GTGT tại Công ty TNHH YKK.
      • Trong tháng 10 năm 2013 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 3 năm 2012 (thời hạn trả là trong tháng 9 năm 2012) thì Công ty TNHH YKK được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
      • Tháng 12 năm 2013 Công ty TNHH YKK có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hợp đồng thanh toán trả chậm của hóa đơn GTGT mua hàng của tháng 4 năm 2012 (thời hạn thanh toán trong tháng 9 năm 2012) thì Công ty TNHH YKK không được khai điều chỉnh bổ sung thuế GTGT do thời điểm có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đã quá thời hạn 6 tháng kể từ khi cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý truy thu thuế.
    • Ví dụ 49c:
      • Tháng 9 năm 2012 Cục thuế tỉnh B ban hành Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty cổ phần PNG qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế, tại Quyết định xử lý có nội dung thu hồi tiền hoàn thuế GTGT là 460.000.000 đồng là khoản tiền thuế GTGT khấu trừ mua hàng trên 20 triệu đồng đến thời điểm kiểm tra chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, quá hạn theo hợp đồng của bộ hồ sơ đã được hoàn thuế của kỳ hoàn từ tháng 01/2012 đến tháng 03/2012. Công ty cổ phần PNG đã chấp hành nộp đầy đủ vào NSNN số tiền thuế truy thu.
      • Trong tháng 10 năm 2012 Công ty cổ phần PNG có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn mua hàng hóa theo hợp đồng quá hạn tương ứng số thuế GTGT 460.000.000 đồng đã bị cơ quan thuế thu hồi thì Công ty cổ phần PNG được kê khai bổ sung vào Tờ khai thuế GTGT của tháng 10 năm 2012”.