1. Về việc kê khai bù trong trừ trường hợp sở kinh doanh có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố
    • Thông tư số 06/2012/TT-BTC đã hướng dẫn nhưng chưa rõ việc kê khai bù trừ khi cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố. Thông tư số 65/2013/TT-BTC bổ sung cụm từ “ cùng tỉnh thành phố” để hướng dẫn rõ trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo như phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
  2. Về việc hoàn thuế đối với dự án đầu tư
    • Thông tư số 06/2012/TT-BTC quy định: trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nới đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Vậy nếu không phải là dự án đầu tư cơ sở sản xuất như đầu tư xây dựng Trung tâm thương mại,.. thì không quy định.
    • Thông tư số 65/2013/TT-BTC gạch bảo cụm từ “cơ sở sản xuất” để hướng dẫn rõ: Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (dự án đầu tư mới có thể là: dự án đầu tư cơ sở sản xuất, dự án đầu tư xây dựng trung tâm thương mại …) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
  3. Về việc xác định số thuế GTGT của hang xuất khẩu được hoàn theo tháng trong trường hợp doanh nghiệp vừa có hoạt động kinh doanh xuất khẩu vừa có bán nội địa.
    • Thông tư số 06/2012/TT-BTC quy định:
      • “Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu thuế GTGT đầu vào của hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo tháng.
      • Cơ sở kinh doanh trong tháng vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, có số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên, nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước trên tờ khai của tháng phát sinh, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT theo tháng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu.
      • Trường hợp không hạch toán riêng được số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được phân bổ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu trong kỳ với tổng doanh thu của cơ sở kinh doanh trong kỳ.”
      • Quy định về việc xác định số thuế GTGT của hàng xuất khẩu được hoàn theo tháng trong trường hợp doanh nghiệp vừa có hoạt động kinh doanh xuất khẩu vừa có bán nội địa tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC gây ra nhiều vướng mắc cho doanh nghiệp. Ngày 19/10/2012 Bộ Tài chính đã ban hành công văn 14320/BTC-TCT hướng dẫn cụ thể.
      • Thông tư số 65 đã pháp quy hóa nội dung hướng dẫn tại công văn 14320/BTC-TCT ngày 19/10/2012 của Bộ Tài chính để hướng dẫn xác định số thuế GTGT của hàng xuất khẩu được hoàn theo tháng trong trường hợp doanh nghiệp vừa có hoạt động kinh doanh xuất khẩu vừa có bán nội địa. Cụ thể:
      • “Cơ sở kinh doanh trong tháng vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, nếu có số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên (thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng bao gồm: thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu, phục vụ hoạt động kinh doanh trong nước chịu thuế và thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ tháng trước chuyển sang), nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước và phân bổ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu trong kỳ với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của cơ sở kinh doanh trong kỳ, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa dịch vụ xuất khẩu đã tính phân bổ như trên chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT theo tháng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
      • Cụ thể:
Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng = Thuế GTGT đầu ra của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước – Tổng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ phát sinh trong tháng (bao gồm: thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu, phục vụ hoạt động kinh doanh trong nước chịu thuế và thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ tháng trước chuyển sang)

 

Số thuế GTGT đầu vào của hàng xuất khẩu = Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng x Tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu / Tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế